Se il cedente varia il suo Regime Fiscale deve modificare la sua anagrafica seguendo queste istruzioni :

Da Anagrafiche\Cedenti cliccare su Modifica 

Dalla lista dei regimi fiscali disponibili, deve scegliere l'opzione idonea al proprio caso, se non trova una voce specifica indicare "Altro"

Se il nuovo regime fiscale prevede un'esenzione iva è opportuno creare un nuovo codice iva specifico o modificare un codice iva già esistente compilando il riferimento normativo che sarà successivamente riportato sul documento 

Approfondimenti: 
Come creare una nuova aliquota IVA su fatturapertutti  
Come compilare il riferimento normativo

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